Huysuz, aksi ve kaba bir çocuk olan Marry Lennox Hindistan'da kolera salgınının baş göstermesiyle anne ve babasıyla birlikte evini de kaybeder ve İngiltere'de yaşayan amcasının yanına gönderilir. Uçsuz bucaksız bir fundalığın ortasındaki malikanede yaşamaya başlayınca Mary'nin tüm hayatı değişir.
Amcasının yıllarca hiç kimsenin girmesine izin vermediği Gizli Bahçe'yi bulmasıyla hayatında çok büyük mucizeler gerçekleşir ve Mary artık o eski huysuz ve mutsuz kız olmaktan çıkarak yepyeni bir hayata başlar.